Eu não me considero um especialista, mas não acho que você tenha muito com o que se preocupar desde que faça o backup do gerenciador de inicialização em uma mídia que tenha precedência sobre seus discos rígidos e não mexa com as partições da instalação linux existente.
Depois de configurar sua instalação do LFS, acho que você terá que reconfigurar seu gerenciador de inicialização. E você terá que alternar o perfil de inicialização padrão, em seguida, reinicie toda vez que quiser alternar entre as duas instalações. Ou faça o backup do carregador de boot com a instalação usada com menos frequência como padrão.
Gostaria de saber se existem distribuições do Live CD que tenham o sshd em execução por padrão. Isso seria útil para recuperar seu sistema de desktop sem ter que obter um gabinete de disco rígido externo. A Documentação do LFS LiveCD tem uma seção "autosshd" sobre como criar um liveCD com o sshd por padrão.
Eu devo adicionar ... você vai querer fazer backup de qualquer coisa que não queira perder em sua área de trabalho. Eu não sei qual é a melhor solução para isso, no entanto. Configurar o NFS? Ou gabinete de disco rígido externo, como eu mencionei.