Se você pode remover as pastas .foo, então é simples ... simplesmente exclua-as e depois mova tudo:
find foldera -type d -name .foo -exec rm -rf '{}' \;
mv foldera folderb
Se você quiser manter as pastas .foo, então você pode mover a coisa toda e então mover apenas as pastas .foo de volta:
mv foldera folderb
cd folderb
find -type d -name .foo -exec mkdir ../foldera/'{}' -p \;
find -type d -name .foo -exec mv '{}' ../foldera/'{}' \;
Espero que isso ajude.