Você só precisa informar ao seu navegador que você limpou o cache. Reiniciando:
killall Safari
open -a Safari
Ou limpando o cache usando o script GUI, por exemplo o seguinte AppleScript:
tell application "Safari" to activate
tell application "System Events"
tell application process "Safari"
click (first menu item whose name is "Empty Cache…") of first menu of (first menu bar item whose name is "Safari") of first menu bar
end tell
keystroke return
end tell
Você deve poder chamá-lo de seu script de shell usando osascript name.scpt
ou salvar como Aplicativo e open
.