Após a criptografia, a unidade não é mais reconhecida pelo Windows 7 e geralmente solicita a formatação da unidade. Você então tem que montar a unidade com Truecrypt e atribuir uma letra de unidade para ela, no seu caso E:
Para vincular novamente as pastas, faça o mesmo processo aplicado ao D: e use E: no lugar ou o que tiver definido para a unidade.
Os arquivos e estrutura de pastas ainda são os mesmos, a única grande alteração após a criptografia é a letra da unidade. Qualquer coisa que se refere a D: deve agora ser alterada para se referir a E:.
Existem também alguns ajustes de registro disponíveis, mas a maioria das pessoas não se sente confortável em mudar isso.
Aqui está o caminho do registro para as pastas do User Shell.
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders