Desativar o disco rígido depois de um tempo especificado pode economizar eletricidade, lembre-se que não economiza muito. É usado principalmente para laptops que têm uma capacidade de bateria muito limitada.
Você pode defini-lo por algo como 5 horas e ele não deve afetá-lo. Significa apenas que, se você deixar o computador ligado, sair por 5 horas e voltar, o disco rígido levará alguns segundos para girar.
tl; dr Pessoalmente, eu não me incomodaria com isso.