Você verificou o que as chaves foram realmente mapeadas? Shift e Control devem ser mapeados como estão, mas Alt é geralmente mapeado para o Cmd no lado do Mac, então pode ser que você não tenha nenhuma chave mapeada para o Alt do Mac. Eu mesmo estou procurando uma maneira de mapear a tecla do Windows para a tecla Alt no Mac durante a conexão do Ubuntu usando o vinagre. Desde que você está no Windows, você pode encontrar este thread útil em que uma das respostas afirma que o servidor vine alternativo tem esse mapeamento configurado corretamente. Eu não gostei de quão lento o servidor do Vine é, então eu uso o xvnc para o suporte melhorado da área de transferência através do servidor vnc integrado.