Você poderia usar uma célula ancorada com o número da versão nela. Aqui está um ponto de partida:
SetOptions[$FrontEndSession,
DockedCells ->
Cell[BoxData[
ToBoxes[NumberForm[$VersionNumber, {2, 1}], StandardForm]],
"DockedCells", ShowStringCharacters -> False
]]
(Observe que $FrontEndSession
não persistirá depois de sair do front-end.)
Editar
Aqui está uma versão com um fundo laranja que vai de ponta a ponta. A opção principal é CellMargins
:
SetOptions[$FrontEndSession,
DockedCells ->
Cell[BoxData[
ToBoxes[NumberForm[$VersionNumber, {2, 1}], StandardForm]],
"DockedCells", ShowStringCharacters -> False,
CellMargins -> {{0, 0}, {0, 0}}, Background -> Orange]]