Eu iria com um contêiner mov em vez de um avi, como você pode transmitir isso sem qualquer mágica e jogar sem baixar a coisa toda. AVI é engraçado sobre precisar do último bit primeiro ...
ffmpeg -i your.avi -acodec copy -vcodec copy output.mov
No Handbrake há uma opção para otimizar arquivos de vídeo para a web, para que eles joguem melhor online. O mencoder tem uma opção assim? Eu estou querendo saber se eu deveria converter um arquivo usando handbrake depois de usar o mencoder para adicionar legendas, mas estou preocupado com mais perda de qualidade de vídeo.