OK, eu tenho que trabalhar. Eu encontrei uma janela aberta com uma classe de "gsd-locate-pointer"; no entanto, todas as minhas tentativas de filtrar isso do filtro de janela "normal" filtraram todo o resto também, então no final eu mudei o filtro de:
((type=Normal | Unknown) | name=sun-awt-X11-XFramePeer | name=sun-awt-X11-XDialogPeer) & !(role=toolTipTip | role=qtooltip_label) & !(type=Normal & override_redirect=1) & !(name=gnome-screensaver))
para:
((type=Normal) | name=sun-awt-X11-XFramePeer | name=sun-awt-X11-XDialogPeer) & !(role=toolTipTip | role=qtooltip_label) & !(type=Normal & override_redirect=1) & !(name=gnome-screensaver))