Infelizmente, isso é um problema com o próprio disco. Os discos WD Caviar Green causam este problema em muitos lugares.
O problema decorre do tamanho do setor de 4k sendo usado. Aparentemente, há um jumper para o modo de compatibilidade 512b, mas ouvi dizer que isso não ajuda no Linux.
A boa notícia é que você pode RMA a unidade, em seguida, eles vão enviar-lhe um que funcione corretamente. Ainda assim, a WD não parece ter lidado bem com essa questão toda.
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