Não sei se você ainda está procurando uma solução ou não, mas eu recomendaria uma combinação de algumas tecnologias.
Primeiro eu usaria o Thunderbird para baixar as mensagens. IMAP é ótimo para o uso do dia a dia, mas se você está apenas fazendo o backup para criptografar e armazenar, eu usaria o POP. Uma vez que seus e-mails são baixados e organizados nas pastas que você deseja (o Thunderbird automaticamente separa os arquivos em pastas por ano), você estará pronto para criptografar.
Para criptografar esses arquivos, dê uma olhada no TrueCrypt. Ele também é gratuito e permite criptografar um grupo de arquivos como um arquivo grande e seguro.