Isso pode ser alcançado usando o procmail. Aqui está um exemplo .procmailrc :
MAIL=$HOME/ROOT
VERBOSE=on
LOGFILE=$MAIL/procmail.log
DATE='date +%Y%m%d'
HOUR='date +%H'
MIN='date +%M'
SLICE=$DATE/$HOUR/$MIN
MAILDIR=$MAIL
DEFAULT=$MAILDIR/$SLICE/
# Creates the slice if necessary.
DUMMY='test -d $MAILDIR/$SLICE || mkdir -m 700 -p $MAILDIR/$SLICE'
Subtlety: a barra após $DEFAULT
indica o formato do Maildir. Se preferir mbox, remova-o.