[Eu comentaria, mas não tenho a reputação. :-(]
Eu também tenho visto este problema rodando o cygwin com o emacs32 sob o X. Quando eu começo a fazer isso, outros programas baseados no GTK rodando o Cygwin-X também param de funcionar (por exemplo, navit usando o gtk). A maneira rápida que encontrei para resolvê-lo é reiniciar o servidor X. [Não é necessário reinicializar.]
-John