Você pode colocar seu módulo de kernel na lista negra. Você pode fazer isso editando blacklist.conf
sudo vi /etc/modprobe.d/blacklist.conf
Você provavelmente deve adicionar algo assim:
blacklist fglrx
blacklist radeon
alias radeon off
alias lbm-radeon off
Isso irá colocar o driver proprietário da ATI na lista negra (fglrx), bem como sua contraparte opensource.
Editar:
Ok, que tal usar o vgaswitcheroo? Adicione essas linhas ao seu arquivo /etc/rc.local antes de sair 0:
modprobe radeon
echo OFF > /sys/kernel/debug/vgaswitcheroo/switch
Isso deve funcionar.