Funcionará bem com algumas limitações.
Especificamente, você não pode armazenar arquivos maiores que 4 GB.
Se a sua unidade flash for grande o suficiente, você pode pensar em particioná-la.
Se você fizer isso, lembre-se que o Windows só verá a primeira partição,
Então, faça com que a partição VFAT e, em seguida, você pode ter o que quiser seguindo-lo.
Eu costumo fazer um flash inicializável Ubuntu com drives de 16GB que tem uma primeira partição VFAT com um Partição inicializável do Ubuntu seguindo-a.