Telas azuis e outras falhas no sistema podem corromper a estrutura do sistema de arquivos. Além disso, você pode fazer algumas alterações do Linux, que você não pode fazer no Windows, mais, se você não usar o driver NTFS mais recente, pode haver erros que corrompem a estrutura.
Para ter certeza, dê uma olhada em este artigo na Wikipedia e execute smartctl --all /dev/sda
para listar os parâmetros SMART de seu driver (que informará se o disco está falhando ou não).