De uma pergunta perguntado no StackOverflow :
You'll either need to modify the service, or wrap it inside a helper process: apart from session/drive access issues, persistent drive mappings are only restored on an interactive logon, which services typically don't perform.
O post referenciado entra em detalhes, então talvez você queira dar uma olhada.
Se os seus outros trabalhos também forem arquivos em lote, eles precisarão realizar o mapeamento necessário.