Sim, é muito possível que muitos formatos de arquivo tenham dados ausentes ao extrair um download incompleto.
Qual formato de arquivo é o download que você está usando?
Estou fazendo o download do profissional do visual studio 2010 por meio da MSDN Academic Alliance. E recebo a confirmação do download antes mesmo do progresso do download não atingir 100%. Extraí o arquivo iso e ele não teve problemas nem erros ao extrair seu conteúdo. Mas notei que algumas subpastas estão vazias. É possível que eu não tenha realmente baixado todo o conteúdo do arquivo?