Você realmente não pode comparar uma inicialização a outra. Para qualquer tipo de análise estatística, você realmente precisa de um mínimo de 20-50 botas.
O fato é que isso pode ser qualquer coisa em segundo plano de aplicativos que executam atualizações em segundo plano, Windows fazendo verificação de arquivos ou simplesmente e às vezes pode ser algo como temperatura fazendo diferença em determinados componentes.
A causa mais comum que encontrei foi no disco rígido, em mais de 30 varreduras de unidades padrão comerciais, fazer varreduras de desempenho de back-back pode mostrar uma diferença de desempenho de 5-10% ...
Existem tantas razões que podem ser e é realmente difícil ajudá-lo aqui.