Você pode remover os links simbólicos de inicialização desses arquivos usando update-rc.d
:
$ sudo update-rc.d -f NetworkManager remove $ sudo update-rc.d -f networking remove $ sudo update-rc.d -f avahi-daemon remove
isso impedirá que esses aplicativos sejam executados automaticamente na inicialização.
Para adicioná-los mais tarde, basta executar:
$ sudo update-rc.d NetworkManager defaults $ sudo update-rc.d networking defaults $ sudo update-rc.d avahi-daemon detaults