Supondo que ainda haja alguma pasta térmica no local relevante, acho que pode ser mais perigoso aplicar mais pasta - algumas pessoas suspeitam que os modelos originais do MacBook Pro e do MacBook superaqueceram como resultado de Apple aplica muita pasta térmica durante a montagem do sistema.
Em geral, não acho que seja necessário remover os dissipadores de calor e outros componentes não substituíveis pelo usuário durante a limpeza de um laptop, especialmente considerando os riscos. Como sua máquina ainda está ligando e inicializando corretamente, é extremamente improvável que você tenha causado danos permanentes.