A maneira mais comum de corromper um cartão CF é removê-lo durante uma gravação. Para fazer isso com o MBR, você precisaria fazê-lo enquanto o MBR estivesse sendo gravado. No Vista / W7, em um prompt de comando, você pode:
bootrec /FixMbr
Para W2K / XP:
fixmbr \Device\HardDisk0
Esses comandos são gravados no MBR, então você precisa abrir o cartão assim que executá-los.