Se você quiser realmente ter certeza de não destruir nada acidentalmente, exporte seus dados antes de continuar. Colocá-lo em um Outlook PST significará que você manterá todos os metadados e permitirá a importação fácil novamente caso algo quebre (ou você possa usar isso para realmente arquivar suas coisas em um local separado).
Com essa sugestão fora do caminho, acho que depende do tipo de conta.
Se você está olhando para uma conta do Exchange ou IMAP que deixa tudo na serevr, nada deve ser excluído, mas você não terá acesso a eles sem a configuração da conta.
Se for POP3, provavelmente o Outlook os armazenará em uma pasta PST local e isso ainda deverá reter cópias locais - independentemente de o servidor ter ou não cópias depende de sua configuração.