Pode ainda ser a renderização gráfica.
O problema desaparece se o aplicativo residir totalmente no monitor secundário?
Muitas placas gráficas, especialmente as mais antigas, executam muito mal se uma aplicação se estender por vários monitores. Eles funcionam bem se o aplicativo estiver contido totalmente em uma tela ou outra. Nós costumávamos notar isso particularmente com aplicativos 3D, mas pode ser qualquer um.