Quais tipos de backup você usa?
Se você usa o LVM, é muito fácil estender o tamanho.
Se você usar o back-end de arquivo, minha sugestão é criar um novo arquivo que tenha maior capacidade. Em seguida, use o dd para copiar todos os dados do arquivo original para o novo.
Depois disso, o "disco rígido" do Xen DomU é maior. Você pode então alterar o tamanho do sistema de arquivos no lado do DomU.