É impossível responder com precisão sem saber a que programa você está se referindo, mas uma opção seria instalar o programa novamente até a conclusão e, em seguida, desinstalá-lo.
Se o instalador não instalar o programa porque acha que ele já está instalado (whew), você pode tentar usar o Windows Installer CleanUp Utilitário para marcar o programa como não instalado. Depois disso, o instalador pode permitir que você continue normalmente.