Não, você não pode ter duas unidades primárias no mesmo cabo IDE. Se você fizer D: uma unidade secundária, sua máquina deverá inicializar.
Tendo dito isso, pode ser que ele esteja encontrando o D: primeiro, e como é um disco principal, ele pára de procurar, mas como está vazio, não há nada para ele inicializar.
Você pode tentar trocar as unidades, mas deve ter apenas uma unidade principal e uma secundária.