Eu tentei rapidamente com o pdftk: link
Use algo como:
pdftk my.pdf output noprinting.pdf owner_pw MYSTRONGPASSWORD allow
O parâmetro allow não possui argumento (o padrão é none ). Parece que você tem que definir alguma senha de proprietário (caso contrário, a impressão não será realmente desativada).
Veja a documentação no meu link para mais opções!