Vários arquivos menores seriam bons, mas lembre-se de que não está carregando o arquivo inteiro na RAM. A maioria dos programas de edição de vídeo mantém um disco de trabalho que é usado para armazenar informações temporárias e processar o arquivo.
Em suma, você não precisa parar e reiniciar simplesmente porque o arquivo é maior do que a quantidade de RAM que você tem.