Parece que a sua instalação do Windows está faltando o codec de áudio necessário para o efeito. A maioria dos Media Players vem com seu próprio pacote de codecs e não vêem esse problema (Ok, eu suponho que você não se refira ao Windows Media Player aqui).
Você pode usar alguma ferramenta como o GSpot v2.70a para verificar se os codecs necessários estão instalados para reproduzir o arquivo de mídia.
É claro que também estou assumindo que outros arquivos de mídia funcionam bem em seu Media Center e é apenas esse arquivo MKV que não reproduz áudio.