Eu tive problemas parecidos alguns anos atrás, resolvi isso iniciando o ubuntu a partir do live CD, fiz uma nova instalação e resolvi o problema com a partição MBR. Então você pode continuar a entrar no CD do Windows e selecione reparar consertar o Bootstrap do sistema operacional Windows. A partir de então, toda vez que você começar, você terá a opção de menu para selecionar o sistema operacional que deseja.
Se esse menu não aparecer, digite novamente o ubuntu live CD start dali, restart e vuala! lá estão elas.
Deixe-me saber se o dosent funciona para você.
Tudo de bom