O que o programa faz e que nível de acesso ele usa? Talvez seja melhor executar a tarefa em uma das contas de usuário do Serviço (LocalService, NetworkService ou LocalSystem). Isso fará com que a tarefa seja executada em uma conta do sistema que não interaja com a área de trabalho e não carregue o perfil de um usuário comum. Isso também significa que ele não será afetado pelos usuários que fizerem logon e logoff, já que essas contas estão sempre "conectadas". Apenas tenha cuidado: a conta LocalSystem, em particular, tem essencialmente acesso completo ao sistema, o que significa que se qualquer tarefa estiver sendo executada de alguma forma se tornar acessível a um usuário, ela poderá ter acesso total ao sistema.