Existem várias alternativas disponíveis para você. O primeiro é um aplicativo autônomo, o segundo também é independente, mas pode se integrar ao Libre Office, e o terceiro é construído para integração com o Libre Office.
O primeiro, disponível no Ubuntu Software Center, é um aplicativo interessante chamado Referencer . Com ele você pode organizar documentos ou referências e, finalmente, gerar um arquivo de bibliografia BibTeX. O Referenciador inclui vários recursos para facilitar esse processo.
O segundo, com muitos comentários positivos na USC, é JabRef . Você pode personalizar as informações de entrada mostradas na janela principal e classificar por qualquer um dos campos padrão do BibTeX. O JabRef também permite vincular facilmente a fontes PDF ou web para suas entradas de referência. A grande característica é que o JabRef pode se integrar ao Libre Office.
E terceiro, Bibus , novamente no Ubuntu Software Center. O Bibus é uma base de dados bibliográfica desenvolvida com o LibreOffice em mente. Pode inserir diretamente citações e formatar o índice bibliográfico em um documento aberto do Writer.
Cada um desses aplicativos se destaca de maneiras diferentes, então experimente todos. Eles também estão disponíveis no Windows, se você precisar trabalhar no Windows e quiser as mesmas ferramentas.