Sempre há o risco de perder arquivos no caso de algo dar errado, eu faria backup dos seus arquivos o mais rápido possível no caso. Desde que você acabou de comprar um disco rígido externo, não vejo razão para não!
A partir de 10.2.8 - > 10.4 Eu acredito que você pode ir para uma instalação de atualização, que não deve excluir seus arquivos. Os volumes FAT32 também devem ser legíveis e graváveis.