Eu tenho tido muitos problemas com o Perian ultimamente. Eu não estou usando o NicePlayer, mas o QuickTime, e enfrento o mesmo problema que você, onde às vezes reclama que o codec não está disponível (usando palavras diferentes).
Minha solução atual é desabilitar e reativar o Perian. Vá para o painel Perian System Preference, clique em Remove Perian e clique em Install Perian , o mesmo botão. Depois disso, os mesmos vídeos tendem a funcionar novamente.