Eu acho que o problema que você está tendo é que C-c C-w
copia a expressão regular citada e query-replace-regexp
parece apenas gostar da regex bruta.
Por exemplo
C-M-% "[a-z]+" RET test RET
não funciona, mas
C-M-% [a-z]+ RET test RET
funciona.
Eu não sei a que você está se referindo quando com a chave !
; você tem o material de referência para o qual você está trabalhando?
Você verá o mesmo problema definido aqui em StackOverflow com algumas ideias para resolver o problema. Incluindo uma referência ao re-builder + que aparentemente possui alguns recursos que o tornam agradável com query-replace-regexp
e os gostos.