Acho que a melhor saída é reparar o sistema operacional com o CD do Windows (mesmo que seja a opção que você está tentando evitar), baixe o SP mais recente (para o Vista, o SP2) aplique-o & deixe a atualização automática fazer o resto.
O problema é que, como você disse, as fontes de arquivos são variadas (como RTM OS, SPs, atualizações automáticas, hotfixes). Então, encontrar a versão legítima, não tratada, seria muito entediante.