Você pode querer olhar para o txt2html script Perl . Existe um argumento --xhtml que você pode passar para a saída XHTML ao invés de HTML.
Eu não vejo nenhum argumento na documentação especificamente para converter um diretório inteiro de arquivos, então você pode precisar para escrever um pequeno script que percorra cada arquivo em seu diretório e, em seguida, chama txt2html nele.