Muitas pessoas executam vários gpu's em caixas Linux. Eu mesmo executo uma configuração de SLI. Em primeiro lugar. Assista a temp do gpu. Se eles estão ficando quentes que vão fazer isso. Muitas vezes, os fãs em placas gráficas vão mal sem fazer barulho.
Em seguida, tentaria executar a máquina com apenas uma ou outra placa. Troque eles. E veja se qualquer um por si só causa o mesmo problema.
Você está executando compiz com todas essas telas? Tente desativar isso.
Quando o sistema trava, você pode mudar para um terminal? ctrl + alt + F1 Se sim, o seu sistema ainda está funcionando. Algum software foi bloqueado. Execute ps -A e / ou top para ver se você consegue identificar um processo que possa estar causando o problema.
Se todo o sistema estiver de fato travado. Do meu palpite é que é um problema de driver mais complexo, ou um mau funcionamento de hardware (superaquecimento, por exemplo).
PS: Para quem tem o problema (X não vai começar com duas placas da Nvidia). Se você não tem uma linha BusID para pelo menos o seu principal cartão de vídeo no seu arquivo xorg.conf, esse é o problema.