O suporte do ATI Linux é uma droga. Você economizará muitas dores de cabeça ao substituí-la por uma placa NVIDIA se planeja usar o Linux mais intensamente.
Dito isso, esse tipo de erro geralmente é causado por um bug no instalador da ATI em um sistema de 64 bits (que você pode ter?), que tenta fazer com que o sistema carregue um driver de 32 bits em vez de o de 64 bits. Se for esse o caso na sua situação, você precisará fazer isso (como root ou sudo):
mv /usr/lib/dri/fglrx_dri.so /usr/lib/dri/original-fglrx_dri.so
ln -s /usr/lib64/dri/fglrx_dri.so /usr/lib/dri/fglrx_dri.so
Então faça:
aticonfig --initial
Se isso não funcionar, você pode alterá-lo de volta:
mv /usr/lib/dri/original-fglrx_dri.so /usr/lib/dri/fglrx_dri.so