Pode haver muitos problemas aqui:
Primeiro, essa é uma versão antiga e antiga - qualquer chance de que você possa fazer o upgrade para, pelo menos, 1.5 , ou melhor ainda, dar uma 2.1 RC ?
Em segundo lugar, como este é um aplicativo java - qual VM está usando? Na minha experiência, o SQL Developer é um dos aplicativos java mais exigentes que usei sobre em que VM ele é executado ou com problemas. Eu recomendaria pegar uma de suas compilações que inclua uma VM apenas para ver se o problema desaparece.
Em terceiro lugar, você está colando texto rico por acaso? Tente colar a partir do bloco de notas ou algo semelhante para se certificar de que é apenas texto simples na área de transferência. Eu vi muitos aplicativos se esforçarem para converter entre RTF / HTML e tudo o que eles usam nativamente e desligar enquanto tentam processar as informações na área de transferência.