Não está claro a partir da pergunta. Você escreveu para ele antes do scanner, ou você não o usou até depois de passar pelo scanner.
De qualquer forma, eu usei sub's e os levei comigo através de todos os tipos de scanners (incluindo os do aeroporto), e eles funcionaram bem depois, então ...
Os erros que você está recebendo indicam uma tabela FAT corrompida. Seus dados ainda estão lá, mas pode levar semanas para descobrir quais bits & bytes pertencem a quê. Experimente algumas ferramentas como Data Recovery Wizard e veja se ele pode ajudar. Há também os gratuitos, mas lembro-me de ter usado esse no passado uma vez, então ...