FOR /D /r %%G in ("*") DO pdftk "%%G\*.pdf" cat output "%%G\Report.pdf"
Tente isso
FOR /D /r %%G in ("*") DO pdftk %%G\*.pdf cat output "%%G\Report.pdf"
As cotações em torno de "%%G\*.pdf"
eu acredito que fizeram com que * parecesse uma letra para o comando batch e não para um qualificador curinga.
Desculpe se isso é antigo, mas acabei de encontrá-lo e o usei.