Você perdeu a capacidade de sincronização em um dos computadores? Não parece que você teve perda de dados real neste caso, apenas dados não sincronizados.
Mantive anotações copiosas no OneNote2007. Recentemente, tive duas instâncias de perda de dados. O mais recente envolveu manter os arquivos principais do OneNote em um servidor NAS, que eu estava acessando principalmente de um único desktop. Eu mudei para uma área de trabalho mais nova, e quando eu abro meu arquivo de lá, está faltando aproximadamente uma semana dos últimos dados do OneNote.
O engraçado é que os dados atuais ainda são exibidos quando eu abro o mesmo arquivo no computador antigo.
Estou me perguntando:
EDIT - Mais informações: Quando tento uma sincronização manual, ele diz "Este notebook não está conectado. As alterações não estão sendo sincronizadas". Quando vou para Tools-Options-Save-Paths, altero o backup e o local padrão do notebook para o compartilhamento de rede. Ele não me deixa alterar a seção de notas não arquivadas, e o cache ainda é local.
O OneNote faz uso de partes do protocolo SMB (por exemplo, bloqueios de intervalo) que algumas caixas NAS (que normalmente executam alguma versão do Linux + Samba) não são implementadas de forma confiável.