Se você possui o Acrobat professional, esses links podem ajudar:
- Verificar configuração & fluxo de trabalho
- Artigo sobre o Applescript para monitorar a pasta e fazer o acrobat ocr - possui links para downloads de scripts.
Se você está disposto a abandonar o acrobat como uma solução e montar o seu próprio, você pode encontrar esta questão útil.