Você já procurou por um aplicativo mais especializado? Quero dizer um escrito especificamente para armazenar senhas, em vez de criptografia geral.
Eu acredito que ouvi coisas boas sobre o KeePass . Mas se você pesquisar no Google, encontrará muitos aplicativos semelhantes. Você pode encontrar um que atenda às suas necessidades particulares melhor do que o TrueCrypt.