Não é a ferramenta mais amigável, mas o AviSynth é incrível. Você cria um arquivo de texto com a extensão .avs e escreve um script, como este:
DirectShowSource("MyVideo.wmv")
Bob()
Lanczos4Resize(640,480)
Este é um script muito simples, que carrega "MyVideo.wmv", desentrelaça usando o método "Bob" e redimensiona para 640x480. Há uma tonelada de filtros para qualquer tipo de ajuste que você queira fazer, incluindo opções de desentrelaçamento muito melhores, ajuste de cor, corte e muitos outros.
No entanto, o mais legal sobre o AviSynth é que os arquivos .avs são reconhecidos como vídeos pelo WMP (e praticamente qualquer outro player do Windows), e se você abrir você pode ver os resultados sem qualquer reencodificação.
Isso significa que você pode brincar com os filtros o quanto quiser até obter bons resultados e, depois disso, usar os .avs como entrada para o seu codificador de vídeo favorito.