Ao selecionar as células para criar a tabela dinâmica, não selecione linhas ou colunas em branco.
Editar:
Veja o que eu criei no VBA:
Private Sub CommandButton1_Click()
Dim pt As PivotTable
Dim pi As PivotItem
Set pt = ActiveSheet.PivotTables("PivotTable2")
For Each pi In pt.PivotFields("B").PivotItems
If pi.Value = "(blank)" Then pi.Visible = False
Next pi
End Sub
Onde "PivotTable2" é o nome da tabela dinâmica e "B" é o nome do campo de linha do qual você está tentando eliminar espaços em branco. Você pode modificar o código para ocultar outros tipos de campos.