Eu vou tentar o meu melhor para responder sua pergunta com opções possíveis para continuar a trabalhar da mesma maneira que você fez no mac no Ubuntu. (Bem vindo ao Ubuntu!)
O Texniscope é apenas para mac, mas
O pdfsync está no pacote "texlive-latex-extra", e o auctex também está no repositório. Você pode obter tudo o que precisa com este comando:
apt-get install auctex texlive-latex-extra
No que diz respeito a um visualizador de pdf que suporta pesquisas inversas com o pdfsync, o único que encontrei na minha pesquisa foi o Okular:
Você pode instalá-lo com:
apt-get install okular
Em okular você pode configurar o editor externo para ser um cliente emacs.
Me desculpe, isso não é exatamente um passo a passo, mas espero ter reunido todos os pedaços. Eu não sei o suficiente sobre o látex para saber como colá-lo em um fluxo de trabalho. Espero que ajude e você fique no seu caminho. (Certifique-se de estar usando uma versão recente do Ubuntu, caso contrário, a versão do okular pode não suportar o pdfsync)