Este parece ser um problema com o modo como o Flip Mono HD atualmente grava vídeo. Outros usuários também estão experimentando isso.
Uma solução apontada por outros usuários é converter o vídeo antes de soltá-lo em um programa de edição. HandBrake pode ajudá-lo a fazer isso. x264 Seria recomendado sem perda de qualidade entre a conversão, depois da edição você pode usar um codec com perdas, se preferir.